新冠基因序列公布_自然刊发中国论文：全球最早公布的新冠序列如何在上海破译

2年3月3日，顶级学术期刊《自然》在网上发表了一篇由中国团队撰写的关于新型冠状病毒的论文，论文形式为“加速文章预览:一种与中国呼吸系统疾病相关的新型冠状病毒”该研究小组获得的新型冠状病毒全基因组序列是世界上最早发表的，对以后的全球防疫和研究工作具有重要意义。在本文中，研究小组分析了新型冠状病毒的基因组序列。病毒基因组是从武汉华南海产品市场的一名患者身上获得的。基因组分析显示，该病毒与之前在中国蝙蝠中发现的一组非典样冠状病毒密切相关。

上述研究是由张永珍和他的同事进行的，他们是中国疾病预防控制中心传染病防治研究所的研究员和上海公共卫生临床中心(复旦大学附属)的兼职教授作者包括上海(复旦大学附属)公共卫生临床中心和公共卫生学院、华中科技大学武汉中心医院、中国疾病预防控制中心传染病防治研究所、武汉疾病预防控制中心、澳大利亚悉尼大学等。

2019年12月26日，上海市公共卫生临床中心科研项目从武汉市中心医院和武汉市疾病预防控制中心常规采集不明原因发热患者标本1份。2020年1月5日清晨，研究小组从标本中检测到一种新的类非典冠状病毒，并通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列(GenBank: MN 908947)

1年11月11日，研究小组在病毒学组织网站上公布了获得的新型冠状病毒全基因组序列，这是世界上第一个公布该病毒序列的小组。这对今后新型冠状病毒的追踪和鉴定具有重要意义。1月14日，世界卫生组织(WHO)正式命名2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)为引发本轮肺炎的病毒

值得一提的是，上述病毒的全基因组序列在国际上公布后，许多国际团队开始努力进行相关疫苗的研发工作。这篇

的论文披露，该研究的样本是一名41岁的男性患者，没有肝炎、结核病或糖尿病病史。2019年12月26日，症状出现后第6天，他在武汉市中心医院住院他发烧(> 37.5℃)，胸闷，干咳，全身疼痛和虚弱持续了一周。武汉疾病控制中心的流行病学调查显示，该患者在当地的华南海鲜市场工作。值得注意的是，除了鱼类和贝类，在疫情爆发前，市场上还出售各种活的野生动物，包括刺猬、獾、蛇和鸟类(斑鸠)，以及动物尸体和肉类。

但是据说蝙蝠不在这个市场出售。虽然病人可能接触过市场上的野生动物，但他回忆说他没有接触过活的鸟类。在武汉中心医院，该患者被认为是新型冠状病毒的疑似病例。在住院期间，他的支气管肺泡灌洗液(BALF)被收集并储存在-80℃以准备下一个实验。

临床症状和患者资料

心血管、腹部和神经系统体检结果正常，淋巴细胞略有减少(每立方毫米少于900个细胞)，但白细胞和血小板计数在CBC试验中正常

His C-反应蛋白远高于正常水平(CRP，血液含量41.4毫克/升，参考范围0-6毫克/升)。此外，他的天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶和肌酸激酶略高于血液化学测试中的正常水平。

例患者有轻度低氧血症，动脉血气检测的氧水平为67毫微克。入院第一天(发病后第六天)，患者的胸片显示异常和毛玻璃影

例患者入院当天(发病后第6天)和入院后第5天(发病后第11天)的胸部CT扫描显示患者胸片上双侧弥漫斑片状模糊在住院期间，抗生素、抗病毒药物和糖皮质激素联合治疗，但患者出现呼吸衰竭并接受高流量无创通气。经过3天的治疗，病人的病情没有改善，他被送往重症监护室

在治疗3天后没有改善。入院六天后，患者被转移到武汉的另一家医院接受治疗。

为了调查与该疾病相关的可能病原体，研究小组收集了患者的支气管肺泡灌洗液(BALF)并对深转录组进行了测序。临床标本在上海市公共卫生临床中心生物安全三级实验室处理。从200微升支气管肺泡灌洗液中提取总核糖核酸(核糖核酸)，使用Illumina MiniSeq构建转录组文库，用于配对末端测序(150bp)

研究小组从零开始总共产生了56565928个序列，用于读取、组装和筛选潜在的病原体在Megahit组装的384096个重叠群中，最长的(30，474个核苷酸[核苷酸)具有很高的丰度，与蝙蝠传染性非典型肺炎样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45高度相似

这与1月30日国际顶级医学杂志《柳叶刀》公布的结果相似。《柳叶刀》的一篇论文指出，对2019-nCoV全基因组的源序列搜索显示，bat-SL-CoVZC45(同源性87.99%)是GenBank(美国国家生物技术信息中心建立的DNA序列数据库)中最接近的病毒。查询覆盖率为99%)，另一种蝙蝠来源的非典样冠状病毒蝙蝠-SL-CoVZXC21(登录号MG772934；同源性为87.23%。查询覆盖率为98%)这两种最密切相关的病毒是2018年在中国东部城市舟山收集的

的基因组序列由团队通过逆转录聚合酶链反应和5'/3'RACE试剂盒(TaKaRa)确认。该团队称这种病毒为WH-人类1型冠状病毒(WHCV)(现在通常称为“2019-nCoV”)，它的全基因组序列(29903nt)已经存入GenBank，登录号为MN908947定量聚合酶链反应估计BALF样品中病毒载量为3.95× 10 8拷贝/毫升

为了更好地理解WHCV感染人类的能力，研究小组将其尖峰蛋白受体结合结构域(RBD)与非典冠状病毒和蝙蝠非典样冠状病毒进行了比较。该病毒的RBD序列与非典冠状病毒(氨基酸同源性为73.8%-74.9%)和非典样冠状病毒(包括Rs4874、Rs7327和Rs4231株，氨基酸同源性为75.9%-76.9%)的RBD序列密切相关，它们都可以通过人血管紧张素转换酶2受体进入细胞

研究小组在论文的最后提到，尽管在中国蝙蝠中广泛发现了类似于非典的病毒，但与非典-CoV相同的病毒尚未被记录。值得注意的是，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒关系最为密切，甚至在nsp7和e蛋白中显示出与Bat-SL-CovzC 45 100%的氨基酸相似性

因此，这些数据表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主然而，由于首次报道该疾病时市场上有许多动物，因此需要做更多的工作来确定2019-nCoV的天然宿主和中间宿主。

注:中国一种新的与人类呼吸系统疾病相关的冠状病毒。《自然》(2020)。报纸的地址是https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3