2年1月22日020,国家基因组科学数据中心正式发布2019年新冠状病毒资源库该图书馆整合了世界卫生组织(世卫组织)、中国疾病预防控制中心(疾控中心)、国家生物技术信息中心(NCBI)和全球流感序列数据库(GISAID)公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻趋势和科普文章同时,对不同冠状病毒株的基因组序列进行了分析和展示
2019新冠状病毒基因组序列的动态释放图片“中国科学院之声”微信公众号
2019新冠状病毒资源库包含2019新冠状病毒(2019-nCoV)毒株名称、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据提交单位等元信息。从NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布。该数据库还可以访问由国家基因组科学数据中心的GWH从公共数据库中收集的冠状病毒基因组和蛋白质序列。用户可以根据元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,如登录号、具体名称、属名、采样日期、采样位置、宿主、分离源、发布日期等。,并下载个性化选择序列进行相关科学研究。
GWH数据库中记录的冠状病毒科基因组序列信息
2019新冠状病毒资源库将持续更新元信息和基因组序列数据,实时监控NCBI PubMed数据库发布的2019新冠状病毒等冠状病毒的学术文献、中国互联网络信息中心和新华社发布的新闻,更新世界卫生组织和中国疾病预防控制中心发布的科普介绍,为用户开展学术研究、掌握科研进展、了解新闻趋势和科学知识提供资源和窗口。
2019新冠状病毒资源库基于不同的参考基因组序列对2019-nCoV病毒株进行基因组变异分析,并对结果进行统计和可视化显示通过全基因组序列相似性比较和突变位点分析,获得了2019-nCoV病毒株、2019-nCoV病毒株与非典冠状病毒和非典冠状病毒样蝙蝠株之间的突变程度、突变区域和突变碱基的详细信息根据数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的非典病毒基因组序列有80%的相似性,与2017年2月从家栖蝙蝠中收集的类非典冠状病毒分离株bat-sl-covzc45基因组序列有88%的相似性。2019-nCoV病毒株的基因组变异分析可为追踪病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新冠状病毒引起的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据依据和决策支持
2019新冠状病毒基因组变异分析:基因组变异分析的参考基因组为基因银行公布的2019年新冠状病毒株的基因组序列MN908947.3,非典-Cov为非典冠状病毒,bat-SL-CoVZC45为非典样冠状病毒bat株,其余基因组序列来源于吉赛德公布的2019年新冠状病毒株红色垂直线表示突变位点。
(原标题为“2019新冠状病毒资源库发布”)
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