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国内网络上很快出现了对该论文的质疑，主要是因为该论文的作者被怀疑在疫情早期为了传播该论文而隐瞒了信息，导致公众的误判。
刚才，第一作者李群所属的中国疾病预防控制中心对此事作了答复。
中国疾病预防控制中心回应称:2020年1月29日，中国疾病预防控制中心、湖北省疾病预防控制中心等单位的相关专业人员在《新英格兰杂志》上联合发表了题为《中国武汉地区肺炎感染新冠状病毒的初始传播动态》的论文
关于论文数据，回复称“截至2020年1月23日报告的425例确诊病例(包括15名医务人员)”。论文是对这些案例的回顾性分析，所有案例都在论文撰写前向公众公布。
回复还表示，本文提出的“2019年12月人际交往发生在密切接触者中”的观点也是基于425例流行病学调查数据的回顾性推论。
最后，回复称该论文是由来自中国疾病预防控制中心、湖北疾病预防控制中心和香港大学等十几个单位的专业人士共同完成的。报告还表示，在学术期刊上及时公布调查结果，将有助于国内外专业同行及时了解疾病特点，共同评估判断疫情，完善防控策略。
从目前的舆论反应来看，许多网民现在开始意识到，之前网上对这篇论文的质疑太“鲁莽”了。他们没有考虑到这样一个事实，即本文的数据实际上是从大量确诊病例出现之后，而不是在疫情恶化之前获得和分析的。
另一方面，尽管存在这些争议，但由中国疾病预防控制中心、湖北疾病预防控制中心、香港大学和其他机构的研究人员撰写的这篇论文对于人们更好地了解疫情、发现问题和加强预防和控制是有价值的，尽管根据后来确认的病例数据，它是对疫情早期发展的“落后”或“回顾性”研究。
例如，在研究了去年12月初至今的425例病例后，该论文发现，尽管最初认为武汉疫情源于华南海产品批发市场，但许多与该市场无关的感染者在12月下旬开始出现。如下图所示:
注:图中深色为有华南海鲜市场暴露史的人，浅色为
。文章还将疫情分为三个阶段:1月前、1月前和1月中旬。数据显示，尽管1月份之前的大多数病例与华南海产品市场有关，但1月份以来的绝大多数病例与市场无关。
因此，通过一系列的数据分析和计算，本文认为该病毒的感染人群每7.4天就会增加一倍，而且早在12月中旬，该病毒可能已经开始具有在与感染者密切接触的人群中进行人与人之间传播的能力。因此，该文件建议采取进一步的紧急措施来减少病毒在社区中的传播。
此外，该论文认为，当前疫情的“转折点”尚未到来，最近几天确诊病例的减少可能是由于大量感染者尚未得到确诊和报告。
论文还认为，目前新冠状病毒的R0(传播功率)为2.2，即一个感染者可以传播2.2个个体，而作为参考的非典病毒的R0为3然而，该论文指出，尽管新冠状病毒的传播力低于非典，但更难预防和控制它，因为许多感染了新冠状病毒的患者患有轻微疾病，并且将他们与亲属隔离的资源非常有限。
的论文还指出，尽管只有27%的患者在感染症状出现后2天以上去看医生，但89%的患者面临医院床位不足的问题，这使得他们在疾病发作5天后无法住院。
论文认为，这也是在疫情早期难以识别和隔离感染者的原因，并建议将检测感染的资源移交给门诊和急诊科，这可以鼓励更快地识别感染者，从而更好地预防。
最后，文章说新的冠状病毒还没有出现像非典那样的超级传播，因为医务人员的感染没有非典那么严重，但它可能随着疫情的发展而出现。
