不明原因的肺炎的诊断_ NGS在感染诊断中的作用大？听听施毅教授怎么说！

第二代测序在临床应用中应注意什么？西方医生特鲁多的话刻在美国纽约东北部的萨拉纳克湖上:有时是为了治愈，经常是为了帮助，总是为了安慰。一位中国医生的墓志铭是什么？< p > "我开始了我的作家生涯，但三年后失败了。练完武术后，校园会发出箭。鼓收集器，一个接一个地出来他学医并取得了一些成功。< p >写一个好的食谱，拿走它，然后死去< p > "这两个笑话在过去是中西医生完全不同的概念，现在医学概念越来越多地融入中西医学。这是石毅教授最近在中国医学会2019年年会和第20届全国呼吸学术会议上精彩演讲的开始。会议在江城武汉举行，汇集了来自全国各地的呼吸专家，为大家带来了一场盛大的学术盛宴。石教授有趣、生动和“信息丰富”的演讲赢得了观众的掌声。让我们看看它！< p>01老龄化社会带来了严重的感染状况随着时代的变化，我们的社会也在老龄化。过去，我们对老年人的标准是60岁或以上，但现在是65岁或以上。随着老龄化社会的变化，疾病的范围也在变化。以日本为例。日本的老龄化带来了老年人肺炎死亡率迅速上升的后果。在欧洲和美国，心脑血管疾病是老年人死亡率最高的疾病。传染病的现状如何？全球:根据世界卫生组织的报告，传染病导致超过25%的病人死亡，每年有1300万儿童死于传染病。中国:感染性疾病占所有疾病的50%以上，75%的造血系统肿瘤患者死于感染，50%的实体肿瘤患者死于感染。传染病是人类的头号杀手，也是儿童死亡的头号原因。抗生素的使用能够控制疾病，导致病原体产生耐药性，甚至形成超级细菌。在传染病诊断中，诊断、治疗和预防是三个关键环节。然而，许多严重感染无法准确诊断，例如，30%-50%的肺炎和40%-60%的关节炎原因不明。传染病也给病人带来沉重的疾病负担，所以在如此严峻的形势下，临床医生面前有两个问题:能否确认为感染？你能找到病原体吗？问题就在前方。促进传染病的诊断和治疗也成为许多专家努力的方向。宏基因组第二代测序技术应运而生。< p>02什么是宏基因组第二代测序所谓的宏基因组第二代测序(Meta genome second generation sequence)是一种高通量的测序方法，它直接从环境/临床样品中提取所有微生物的脱氧核糖核酸，而无需培养，利用基因组学研究策略研究环境样品中包含的所有微生物的遗传组成和群落功能，并能广泛分析临床样品中的微生物群(细菌、真菌、病毒)。传统的检测方法在灵敏度、特异性、及时性、信息含量等方面存在局限性，不能快速识别未知或罕见的病原微生物。从取样、核酸提取和数据库构建到测序、生物信息学分析和报告，多学科全球定位系统需要大约24小时。目前，该技术已包含8000多种病原体，包括3000多种细菌、4000多种病毒、200多种真菌和140多种寄生虫，为疑难危重疾病和罕见病原微生物感染的诊断提供了有效的技术手段。

< p > 2014年，多国集团进入公众视野，新英格兰医学杂志(NEJM)发表了一个案例:一名患有联合免疫缺陷综合征的14岁男孩在2013年从波多黎各旅行回来后因脑膜炎住院后出现脑积水和癫痫。6周内共检测出38种感染性病原体，先后联合5种抗菌药物。未发现原因，根据自身免疫脑引起的昏迷尝试治疗。脑脊液宏基因组测序48小时后，在圣西罗检测到475个钩端螺旋体序列。青霉素被用于治疗。男孩康复了，32天后出院了。《新英格兰医学杂志》总编辑评论说，该报告的标题是“NGS，一个案例如何改变世界”，这表明了NGS的重要性。随后，mNGS在临床上被迅速识别。2016年，美国食品和药物管理局NGS传染病诊断战略提出，多克隆抗体可用于微生物鉴定、耐药性检测和毒性标记。目前，病原体高通量测序的临床适应症包括:困难:未知感染的诊断和病因调查；严重:重症肺炎、脑膜炎、败血症等。特殊:免疫功能低下的人，如移植病人、肿瘤病人等。mNGS技术随着社会的发展而进步和完善。

适用的感染类型和样本(图)< p>03正确理解多国集团技术的局限性和挑战与传统的病原微生物检测相比，多克隆抗体具有敏感性和信息性，但也有一定的局限性。因此，石教授也通过几个问题给大家带来了新的理解。1在解释第1页的结果时，我们应该注意什么？检测到病原体:< p >检测到的病原体只能代表样本中这些检测到的微生物的存在，但不能确定它们是定殖细菌、背景细菌还是病原菌。细胞内细菌/真菌的低检出率:由于释放到体液中的含量较少，细胞内感染细菌具有较低的检测灵敏度。此外，细胞壁较厚的病原体核酸提取效率较低，导致检测率和灵敏度较低。核糖核酸病原体检测:核糖核酸转录本身具有较高的丰度和复杂性，容易降解，对运输和保存有较高的要求。因此，临床检测核糖核酸病毒仍有一定困难。可靠性:不同的公司对可靠数据采用不同的报告方法，如深度、覆盖范围、丰度、估计浓度和置信度，这些方法不同，需要统一。应该记住最重要的参数:病原体、序列号。< p > 2高或低p > 2读数是什么意思？读数是指与病原体匹配的序列数。高读数不一定意味着致病性，而低读数不一定意味着非致病性。该数字与样品中病原体的数量、从样品中提取的核酸的数量以及样品中人类序列的比例有关。不同的病原体有不同的读数。逐一分析单个病原体非常重要。结合阅读次数和病原体排序，临床分析可以更好地进行。< p>3合理报告，注意区分背景细菌老年男性因“流感”住进呼吸重症监护室一周。聚合酶链反应证实了重症H1N1肺炎。治疗有所改善，第5天再次发热，病情恶化。考虑继发曲霉菌感染，采用经验性抗曲霉菌治疗。诊断成立吗？经验性治疗合理吗？检查通用汽车公司试验，血清通用汽车公司3.81，BALF通用汽车公司4.34，高度诊断性，但所有标本培养无真菌生长。这时，报道了BALF木霉菌病的结果，检测出烟曲霉，确立了诊断，并继续治疗和治愈。因此，监测组在报告时应注意以下三点:是病原性病原体还是条件性病原性病原体；微生物通常存在于人体内，这在免疫缺陷等特殊患者中值得关注。由检测试剂和序列比较噪声引入的微生物不应出现在报告中。结合临床实践如何判断

< p > 4分钟的结果？检测到病原体:该报告只能给出需要与临床实践相结合的病原体，无论它们是定殖细菌、背景细菌还是病原菌。是否有任何临床感染的证据:有无发热、感染症状和体征。实验室检查:结合患者血象、血沉、CRP、PCT、il6、镜检结果、培养结果和血清学检查。结合成像变化:影像学改变是感染的重要证据。检测方法:mNGS技术。NGS报告是一张没有临床实践的废纸。如何解释5 mngs的众多积极结果(一堆病原体)?阳性试验表明无致病因素。多病原体列表显示的优点是提供可能的有效线索。特征基因数据库的开发和大量背景细菌数据样本的积累将进一步阐明检测到的病原体和疾病之间的相关性。负面报道并非完全没有价值。治疗前:根据患者的情况，感染或病原体的含量很低。治疗后:用药后取样导致病原体含量降低。< p>6哪个或哪些病原体是罪魁祸首？严格病原性病原体:如肺结核、麻疹、流感病毒、曲霉菌、支原体等。，可能被认为是致病病原体。机会性病原体:铜绿假单胞菌、鲍曼氏菌、肺孢子虫、链球菌等。应根据检测到的序列数和结合临床实践的排名来判断。多种病原体混合感染:多病原体感染，或呼吸道分泌物和肠道分泌物本身的微生物多样性开放系统等。可导致多种病原体的检测，需要结合临床实践进行分析。常见呼吸道定植菌:除非序列号特别高，否则通常不考虑致病性。罕见和特殊病原体:搜索文档并具体分析它们。< p >为什么7mm不能检测到任何东西？一些样品进行了培养，核酸检测呈阳性，但mNGS检测不到任何东西，因此技术不佳。健康经济成本:经济成本和敏感性之间的权衡。当感染后病原体含量很低或用药后病原体数量减少时，在数据量有限的情况下，由于信息太少，目标病原体会丢失。人类和背景序列的干扰:人类基因序列中信息量巨大，很难用少量的信息来检测病原体。中国的人类基因序列超过95%，而国外的不到60%。

报告权衡:每个公司设定的报告序列的底线(如3个序列)、类型和背景(背景细菌单独列出)。样本误差:脱氧核糖核酸提取不当、处理不当和运输不当。