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写在前面:方法:下载处理TCGA数据的R包很多,数据来源也不一样,这一部分开始对几个包 数据: mR. 下载App TCGA数据下载分析(1-1):RTCGA包gene获取表达值并可视化 Y大

TCGA数据下载和整理的网站及软件发表很多了,比如Broad GDAC Firehose, Oncomine (1)差异基因分析:用户可以在gdcDEAnalysis中自选limma,edgeR,或DESeq2进行差异基

#PAAD_gene_expression.csv数据已经经过Z_转换的数据。 z_rna - read.csv(file= PAAD_gene_expression.csv ,header = T,row.names = 1) #clincal是所有样本的临床信息 clinic

我们就不对这个进行检验了,我们还是用下面的代码来对甲基化数据的分组来做检验,看看我们的分组是否有效! ov_tcga_pub_meth1$sample - rownames(ov_tcga_pub_meth1) o

2、现在分析基因数据的软件非常多,有些有文献支持,有些有点山寨、对于很多初学者其 5、现在数据库有很多,我们这次课程主要选择了GEO、T