孙承恩聪明好学，博才多识。读书时，便以文才闻名乡里。顺治帝殿试考生，亲阅孙承恩卷。见他敢于直抒己见，针刺时弊，尤其对“克宽克仁，止孝止慈”之论倍加赞赏。拆开弥封一看，籍贯等如去年因顺天乡试作弊而流放关外的孙朿。心生狐疑，遂立遣大学士王熙从速面询孙承恩。王熙与孙承恩私交颇深，故将帝欲点他为状元但又疑与孙朿一家之事告之。孙承恩道：“祸福乃命中之数，决不可以欺君卖弟。”王熙再三规劝不成，遂策马告辞。途中深为好友惋惜，于是又返回复问：“你真的不后悔吗？”孙承恩答道：“至死不悔！”王熙回宫。顺治帝正秉烛以待，王熙只得如实秉报。顺治帝听后大悦，认为孙承恩品行可嘉，义不卖弟，忠信可贵，遂点为状元。顺治十六年，孙承恩任会试考官。是年从顺治帝游南海子，赐骑御马，遇上大风中寒，不久病故。顺治帝赐金助葬。
孙承恩工书，能诗文。在职短暂，政绩难言。但其有才有德，被世人推崇。