1年23日，交通部发出紧急通知，要求各省级交通部门进一步提高政治地位，坚决执行党中央、国务院关于防疫的决策和部署，敢于在地方党委和政府的统一领导下承担责任，主动确保各项工作部署到位，做到最高标准、最严格，并对相关工作做出具体部署
1年1月23日凌晨，武汉市新冠状病毒感染肺炎疫情防控指挥部发布通知，明确指出“从2020年1月23日10: 00开始，全市公共交通、地铁、轮渡和长途客运将暂停；没有特殊原因，公民不允许离开武汉。机场和火车站暂时关闭恢复时间将另行宣布。"
暂停进入武汉的公路水路客运线路交通部要求当地交通主管部门立即通知当地公交终点站、终点站经营者和公路水路客运经营者暂停进入武汉的公路水路客运线路的运营，并做好免费售票的退票和解释工作。
对其他途经武汉的公路客运线路应立即调整线路绕过武汉，坚决禁止旅客进出武汉。开往武汉的营运车辆和船舶应立即组织乘客返回，不得向乘客收取任何费用。不同意返回武汉并主动提出在武汉以外下车的乘客，应根据乘客自愿就地解释的原则，在安全的地方停车。
暂停武汉跨省跨市包机客运业务
当地交通部门应当立即通知当地包机客运企业暂停武汉跨省跨市包机客运业务申请，同时暂停进入武汉的跨省包机客运标志的审批和发放。湖北省交通主管部门应当部署当地交通主管部门，立即停止审批跨市包机客运业务进入武汉。
严格控制营运车辆和船舶离开武汉
。武汉市所有营运车辆和船舶必须严格按照武汉市防疫指挥部的安排，督促驾驶员和乘客配合当地有关部门实施营运车辆和船舶的温度检测、消毒和通风等防控措施。乘客严禁离开武汉对于允许离开武汉空载返回境内的营运车辆和船舶，应按照卫生部门的要求对驾驶员采取必要的隔离措施，并及时向属地交通卫生部门报告相关信息。
做好进出武汉市的道路和水路的检查和控制
湖北省武汉市交通主管部门和公路管理单位，根据当地党委和政府的部署要求，全力配合公安、卫生等部门做好进出武汉市道路的车辆控制和防疫工作相关区域交通主管部门应督促水路运输经营者合理安排船舶停靠港口。除了运输武汉市民的生产和生活必需品，他们应该尽量避免船只停靠武汉港口。
准备共同防控疫情和应急物资运输保障工作
关于武汉市民生产生活必需品的运输保障，交通部要求湖北省交通厅指导武汉等省市企业提前组织，如需能力保障，及时向交通部报告。
省级交通主管部门应结合疫情防控应急物资运输的实际需要，以省(区、市)道路运输应急保障队伍为基础，做好冷链运输车辆、重型货运车辆、危险货物运输车辆等相关能力储备，确保随时投入应急运输；建立应急保障队伍管理人员、驾驶员、车辆信息库，确保接到应急命令后，在规定时间内迅速集结，及时运输，充分发挥国家重点营运车辆联网联合控制系统和国家道路货运车辆公共监管服务平台的作用，加强对整车的动态监控，提高应急响应速度和指挥能力；指导应急保障队伍建设单位，按照卫生部门的统一要求做好驾驶员和乘客的自我安全保护工作
交通部明确规定，各省交通运输部门应同时在全省建立应急联络机制，确保进入汉代的车辆和船只的控制措施到位，并按要求建立应急保障船队。铁路、民航和邮政管理部门负责碱运输车辆管理和控制的部署和实施。