为了消灭依附于种子表面的病菌，有效的防止种子在发芽期间受病菌的侵染，在沙藏之间，可进行种子消毒。
常用方法有：（1）福尔马林液浸泡：用0.15%的福尔马林液，浸种15～30分钟。
捞出后，再密封2～3小时即可。
（2）硫酸铜溶液浸种：用0.3%～1%的硫酸铜溶液，浸种4～6小时即可。
（3）高锰酸钾溶液浸种：用0.3%～0.5%的高锰酸钾溶液，浸种2小时，捞出后即可。
（4）敌克松拌种：用种核重量的0.2%～0.5%的敌克松，加入10～15倍的细沙土，再拌入种核，进行沙藏、催芽或播种。
在生产中，需要进行温水浸种的，可先进行浸种，再进行消毒或拌种。
消毒后，可直接沙藏、催芽或播种。
发了芽的种子，不宜再进行消毒，以免发生药害。