预防新型冠状病毒有关知识_【知识科普】bioRxiv：特殊模型有望帮助预测新型冠状病毒的潜在药物靶点

最近，北京科技大学的研究人员在预印平台bioRxiv上发表的题为“2019-nCoV的结合域和潜在新药靶标预测”的研究报告中，通过研究成功预测了新型冠状病毒(2019-NCOV)的结合域和新的潜在药物靶标。

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研究人员表示，通过对冠状病毒的进化分析，他们发现2019-nCoV可能来源于蝙蝠，2019-nCoV的S蛋白可能通过与人类细胞ACE2受体的相互作用进入宿主细胞，这可能揭示了2019-nCoV的发病机制。另一方面，2019-nCoV也与蝙蝠冠状病毒鼠132共享约96.2%的序列。通过将2019-nCoV的S蛋白(GenBank: MN 908947.3)的氨基酸序列与蝙蝠传染性非典型肺炎样冠状病毒分离株蝙蝠-S1-CovzC 45和蝙蝠传染性非典型肺炎样冠状病毒分离株蝙蝠-S1-CovzC 21进行比较，后两者分别与2019-nCoV具有89.1%和88.6%的序列一致性，因此假设2019-nCoV可能具有与蝙蝠传染性非典型肺炎样冠状病毒相同的致病途径是有用的

然而，目前使用瑞士模型的研究仍需进一步优化。例如，尚不清楚预测S蛋白结构上的配体结合位点。此外，该模板只有76.4%的序列一致性，这意味着结果可能不能完全反映现实。因此，研究人员需要开发一种新的方法，从另一个角度预测蛋白质的三维结构和相关功能。最重要的是，这种新方法还可以帮助预测潜在的药物靶点。

在这项研究中，研究人员开发了一种新方法，称为I-TASSER(迭代线程组装改进)来预测蛋白质结构和功能。当研究人员将I-TASSER模型与实际的非典模型进行比较时，他们发现2019-nCoV的表面糖蛋白与s蛋白的CTD 1(C-末端结构域1)区域一致，这表明2019-nCoV可能通过构象变化与宿主细胞的ACE2结合。此外，研究人员还预测了2019-nCoV表面糖蛋白的位置，并发现一些核心氨基酸可能是抗2019-nCoV的潜在新药靶标。除了

之外，研究人员还开发了一种称为Phyre2的工具，该工具可以利用远程同源性检测来构建3D模型并预测配体结合位点，以分析氨基酸突变的影响。Phyre2与其他方法的区别不在于准确性，而在于实用性。最后，研究人员表示，I-TASSER和Phyre2工具都可以用来帮助预测武汉新冠状病毒的尖峰蛋白的精确结构，从而为寻找新的药物靶点提供新的线索和思路。

原始资料来源:

zehuazeng，zhiluo，hongwu du . 2019-ncov结合域和潜在新药靶标的预测，bior XIV(2020)doi:10.1101/2020 . 02 . 26 . 199