《指南》提出了肺炎时医疗废物应急处置的技术路线因地制宜，在保证处置效果的前提下，可选择移动式医疗废物处置设施、危险废物焚烧设施、生活垃圾焚烧设施、工业窑炉等设施对肺炎疫情医疗废物进行应急处置，并实行定点管理。也可以根据跨区域应急处置协调机制，将肺炎流行性医疗废物转移到邻近区域的医疗废物集中处置设施进行处置。
《指南》提出对传染性医疗废物和其他在防治肺炎疫情中产生的医疗废物进行单独管理为医疗机构采用移动医疗废物处置设施紧急处置肺炎疫情医疗废物提供便利，并免除环境影响评价等程序。
医疗废物应急处置技术要点《指南》建议，在预防和治疗肺炎疫情过程中产生的传染性医疗废物应在卫生主管部门的指导下进行消毒，严格按照《医疗废物专用包装袋、容器和警示标志标准》进行包装，然后放置在指定的周转桶(箱)或一次性专用包装容器中红色“传染性废物”标志应印刷或粘贴在包装表面受伤的医疗废物必须装入锋利的武器箱，用黄色垃圾袋密封，以免损坏包装材料。医疗废物需要通过危险废物焚烧设施、生活垃圾焚烧设施、工业炉等应急处置设施处置时，包装尺寸应符合相应进料设备的尺寸要求
有资质的医疗卫生机构可以对预防和治疗肺炎疫情过程中产生的传染性医疗废物的临时贮存场所实施特殊贮存和特殊管理，不得与其他医疗废物和生活废物混装或混装。贮存场所应按卫生主管部门要求的方法和频率进行消毒，临时贮存时间不得超过24小时。贮存场所的冲洗液应排入医疗卫生机构的医疗废水消毒处理系统进行处理。
《指南》规定，在预防和治疗肺炎疫情过程中产生的传染性医疗废物应由专用医疗废物运输车辆运输，或根据医疗废物运输车辆的要求临时改装的车辆运输在医疗废物转移过程中，可根据当地实际情况，采用电子转移单或纸质转移单。移交前，应确定移交路线和移交要求运输路线应尽可能避开人口密集区，运输时间应避开高峰时间。医疗废物应在48小时内转移到处置设施。每次卸货后，运输车辆应按卫生主管部门要求的方法和频率进行消毒。有条件的地区，可以安排固定的专用车辆将防治肺炎疫情过程中产生的传染性医疗废物单独运输，不与其他医疗废物混合运输，与其他医疗废物单独填写转移联单，并建立台账
21世纪经济记者梳理发现，湖北省生态环境厅1月22日发布了《关于有效应对新型冠状病毒肺炎和加强医疗废物环境管理的紧急通知》。天津市生态环境局根据生态环境部的要求，建立了医疗废物处置报告制度，每天报告医疗废物处置情况。