根据日本卫生、劳动和福利部发布的最新信息，当地时间1月28日下午4点，日本确诊了第六例新冠状病毒肺炎。值得注意的是，此案在武汉没有旅游史。据报道，该患者住在日本奈良县，是一名60多岁的男性公交车司机。这个月他两次开车去武汉参加旅行团。从1月14日起，出现了寒战、咳嗽和关节痛的症状。1月17日，他去奈良当地的医疗机构就医。检查后未发现异常。然而，从1月22日开始，咳嗽和关节痛的症状加剧了。1月25日，他再次入院接受治疗。他发现肺部异常。之后，他住院了。1月26日，检查结果提交检查。病人分别于1月8日至11日和1月12日至16日接待了来自武汉的旅游团。
根据日本卫生、劳动和福利部的消息，日本在同一天下午2点确认了第五名患者。病人是一名40多岁的男子，住在武汉。他于1月20日到达日本。他在1月22日早上开始出现异常的身体状况，1月23日发烧，1月24日体温正常但疲劳，1月26日又发烧。他随后进入爱知县的医疗机构接受治疗，当时被诊断患有肺炎。据报道，该患者没有去过华南海鲜市场，无法确认是否与肺炎患者有过直接接触。到目前为止，日本感染新冠状病毒的肺炎病例已经上升到6例。此前，有4例患者近期曾在武汉旅行，第一名患者已经康复出院。日本已经采取了一系列措施来对付新的冠状病毒流行病。1月15日，日本政府在首相官邸的危机管理中心设立了一个情报联络处，收集有关疫情的信息1月24日，卫生、福利和劳动部发布了一项旅游建议，建议他们暂时不要去湖北省，将传染病的警戒级别提高到下一个最高的“三级”日本也从湖北撤出海外华人1月26日，日本首相安倍晋三宣布，他将计划包租一架飞机从武汉撤离海外华人。1月26日和27日，日本驻华大使馆官方网站宣布，他打算招揽滞留湖北的华侨。1月28日，日本外相茂木敏充举行新闻发布会，表示一架全日空客机将于1月28日晚出发，将第一批撤离人员带到武汉，并将一批口罩、防护服等辅助材料运往武汉。茂木敏充还说，第一批撤离者有200人。该航班预计于1月29日清晨从茶胶机场起飞。共有大约650名被困的日本人表示他们打算回家。此后，日本政府将继续发送包机。
根据日本野村证券研究所1月27日公布的估计结果，疫情在中国的蔓延导致了赴日游客的减少和消费的下降。日本名义国内生产总值(国内总产值)可能在2020年下降2.475万亿日元(约1574亿日元)，相当于0.45%。
为了进一步遏制疫情在日本的蔓延，日本政府于1月28日正式将新冠状病毒引起的肺炎列为“指定感染”，并将能够依法对患者实施强制住院和工作限制措施。这为日本的疫情防控提供了法律依据，并将于2月7日开始实施“指定传染病”的医疗费用由公费医疗制度支付，适用于所有人，包括外国游客。